在母校发愿
佛教于明末时便已传入台湾，神异僧的事迹固然不少，但肉身菩萨却直到20世纪50年代始现，他就是南普陀寺闽南佛学院学僧慈航法师。
慈航（1895－1954），俗名艾继荣，福建建宁人。他17岁到泰宁庆云寺出家，接着到江西九江能仁寺求戒，又遍访九华山、普陀山、天台山诸道场。1927年，他入闽南佛学院学习，拜太虚法师为师。虽然只有3个月，但他却立下了“以佛心为己心，以师志为己志”的宏愿。
1929年，慈航任安徽安庆迎江寺住持。第二年到香港及南洋等地讲经，在仰光创办中国佛学会。1935年，慈航由仰光回上海途经厦门时，特地拜谒母校闽南佛学院，并在南普陀寺功德楼拜会了弘一法师。足见其母校情结殊深。
1939年，慈航随中国佛教国际访问团在缅甸、印度、锡兰（今斯里兰卡）、马来亚等地，联络教徒，宣传抗日救国。由于华侨佛教徒的挽留，慈航驻锡南洋弘法，先后创办了星洲菩提学院、槟城菩提学院等院校，组织了星洲佛学会、雪州佛学会、怡保佛学会、槟城佛学会等。
1948年10月，慈航法师应台湾中坜圆光寺住持妙果的邀请，赴台创办该寺的台湾佛学院。慈航离新加坡返国，乘轮经厦门赴台时，再度特地拜访母校并作了演讲。他把南洋弟子们给予的供养，捐赠给闽南佛学院和寺里的慈善机构，托付设斋棚赈济饥民。
去台时被诬 “涉嫌匪谍案罪”
1949年春夏，一些在大陆佛学院就读的青年学僧，风闻慈航在台办学，便在动荡与迷失中渡海去台。适值败退台湾的国民党当局颁发“戒严令”，但慈航不避凶险，将20多名大陆学僧收容在佛学院就读。此举引起圆光寺方面的惊慌和不满。经谈判寺方最终留下其中10人。慈航带着余下的10多人辗转颠沛于各寺院，后来以帮助办佛学院作为交换条件，才把他们分别安置在基隆和苗栗的两家寺院中。
不久，台湾岛内谣言四起，人心惶惶。此时，三家寺院都向慈航正式提出：因经费困难，决定不办佛学院了。慈航带着20多名师生浪迹四方，最终在新竹灵隐寺得以落脚办学。不料，新竹警察局却于6月19日将慈航及13名大陆学僧逮捕，秘密押往台北市警察局刑警总队。
慈航被诬为“涉嫌匪谍案罪”，在审讯、关押18天后才被友人保释出狱。
慈航出狱后被台北汐止静修院请去，每日为比丘尼讲经授课。期间常有大陆学僧青年悄悄前来探望，台北警局发现后，三次出警缉捕未遂。后在静修院住持苦苦劝说下，慈航不得不躲进深山老林，过着野人穴居般的苦修生活。
到了1949年冬，国民党当局最终确认“僧难”是一桩错案后，慈航才下山回到静修院，被关押的大陆学僧青年也陆续被释放。
修成宝岛第一尊“肉身菩萨”
1950年春，静修院住持在院后山麓为慈航法师修建了弥勒内院。这期间，从狱中释放及散居各地的30多名大陆学僧青年又回到他身边，于是他又创办了弥勒内院佛学研究院和静修院女众佛学院，并开设英语课程，倾力培育新型僧尼人才，使之成为台湾佛学教育的中心。
在僧尼教育和弘法活动中，为了消弭日本佛教习俗对台湾的影响，慈航坚持要求那些曾经盲目崇拜日本佛教的僧尼和信众，都要学会国语，不忘自己是炎黄子孙。他重视弘扬中国历史文化的基本精神，褒扬台湾同胞反对殖民统治的爱国义举，阐析中国佛教爱国护教的优良传统。
而后，慈航应各方邀请，举行环岛弘法活动。他以弘传“人间佛教”与唯识思想为主旨，化世导俗，度利众生；同时高树正法旗帜，倡导正信，从而推进了汉传佛教在岛内的传播与发展，为台湾佛教的革新培养出一批僧才，为消除台湾佛教的“皇民化”遗毒做出贡献。
1952年起，慈航摒除琐务，闭关撰著。期间，他依然每天通过关房窗口为僧尼讲课5小时。
1954年5月6日，慈航法师因脑溢血圆寂。他圆寂时面目如生，跏趺坐缸，俨然老僧入定，封缸后安葬在寺院后山墓塔。5年后弟子们开缸检视，发现他肉身不坏。消息传出，轰动全台。弟子们将慈航肉身装金，成为台湾第一尊“肉身菩萨”，供奉于台北县汐止秀峰山慈航纪念堂。
回归泰宁庆云寺
2007年9月14日，台湾第一尊“肉身菩萨”慈航木雕仿真圣像，由台湾佛教界护送经厦金航线乘“新金龙”号轮抵达厦门和平码头。
此次回归祖庭的慈航菩萨木雕仿真圣像长77厘米、宽64厘米、高57厘米、莲花座63厘米、座椅69厘米，由台湾佛教界捐赠。当天，厦门南普陀寺举行了隆重的“慈航菩萨圣像回归祖庭暨海峡两岸和平与发展祈福大法会”。会后，慈航木雕仿真圣像转至他出家的泰宁庆云寺安奉。
慈航法师有偈云：“空手而来，空手而去，来来去去，永无休歇。”作为佛教徒，他深知诸法无常，故一切均能舍能放。但饱经沧桑的慈航法师，晚年思乡怀亲之情却愈加浓烈。据史料载，他曾对入室弟子律航说：“我离开南洋之前，原打算直接回闽北家乡，买块坟地，然后在附近3个县传布佛法，作为改良中国佛教的基地。这次来台湾，只是做一桥梁罢了。”又对弟子星云说：“我的祖庭在闽北泰宁，那里山灵水秀，佛缘隆盛。今后，我要带你们到福建家乡看看……”殷殷桑梓之情溢于言表。
圆寂前，慈航还对弟子们说：“我已老病，今生返回大陆已无可能。但愿入寂后，将来能有叶落归根、魂归故乡的一天。”
然而，海峡两岸人为的隔绝，使他的遗愿直至圆寂53年后才得以实现。